Pressmeddelande från Informationsenheten, Lunds universitet,  2001-05-31
Göran Frankel 046-222 94 58
Goran.Frankel@info.lu.se

Genteknik och självlärande datorer
gör diagnos av barncancer snabbare

Mjukdelscancer hos barn måste kunna diagnosticeras snabbt och säkert så att rätt behandling sätts in så fort som möjligt. Det finns nämligen fyra olika cancerformer som är svåra att skilja åt och som bör behandlas med olika mediciner. I det senaste numret av Nature Medicine presenteras en ny diagnosmetod baserad på genteknik och informationsteknologi. Den är mycket snabb och kan arbeta med små provmängder. Metoden har utvecklats av teoretiska fysiker vid Lunds universitet i samarbete med cancerspecialister vid NIH, National Institute of Health, i USA.


De teoretiska fysikerna är professor Carsten Peterson och hans medarbetare Markus Ringnér. Carsten Peterson leder en avdelning för komplexa system och ägnar sig bl a åt studier av proteiners tredimensionella struktur. Han har arbetat med medicinska frågeställningar tidigare. För några år sedan utvecklade han i samarbete med Institutionen för klinisk fysiologi i Lund ett expertprogram som diagnosticerade hjärtinfarkt baserat på EKG-undersökning med lika stor säkerhet som en mänsklig expert. Programmet upptäckte inte bara larmsignalerna om en förestående hjärtinfarkt; det kunde också avslöja falsklarm.

Den nya diagnosmetoden är baserad på datorprogram av typen neurala nätverk. Det är program som kan tränas och förbättras genom egen erfarenhet. Neurala nätverk är särskilt bra på känna igen mönster. Peterson och Ringnér har tränat ett neuralt nätverk att känna igen mönster på ett s k micro array. Det är en ny genteknisk metod. Man fäster gener på en platta och stryker ut ett prov av RNA från patienten över detta. Vissa gener kommer att binda RNA, andra inte. Man får på det sättet veta vilka gener som är aktiva hos den ena eller andra patienten.

- En tanke har varit att man skulle kunna få karakteristiska mönster av aktiva gener beroende på vilken av de fyra cancerformerna som hade drabbat patienten. Vi lyckades intressera amerikanerna för vår metod. De fäste 6.000 utvalda gener på ett micro array. Vi tränade vårt program på prover på 63 cancerpatienter om och om igen tills programmet kunde skilja på de olika formerna.

- I det läget skickade NIH 25 prover till oss utan någon som helst kommentar om dem. Vi undersökte dem med vårt nya program. Vi lyckades diagnosticera 20 prover men i fem fall fick vi inga klara besked. Vi var bekymrade över detta. Vi hade nätt och jämt hunnit skicka över resultaten när vi fick svar. Vi hade rätt till 100 procent; de fem prov som vi inte kunde bestämma hade tagits i andra sammanhang!

Från och med nu blev NIH-specialisterna ytterst intresserade av metoden. Carsten Peterson och Markus Ringnér gick vidare och undersökte vilka av de 6000 utvalda generna som verkligen spelade någon roll för mönsterigenkänningen. Man kunde identifiera ett hundratal gener som var kritiska för att de karakteristiska mönstren skulle uppstå. När de amerikanska medicinarna undersökte dessa gener fann man att hälften redan var kända - men de övriga har varit okända och är således ny kunskap om dessa cancerformer.

- Det är uppenbart att diagnostiken blir snabbare, enklare och billigare om det räcker med ett hundratal gener på ett micro array. Det är naturligtvis också kunskap som på sikt kan leda till nya mediciner och behandlingsformer, summerar Carsten Peterson.

För mera information kontakta professor Carsten Peterson, tel 046-222 90 02, e-post: Carsten.Peterson@thep.lu.se


Pressmeddelanden, index | Informationsenhetens hemsida | Lunds universitets hemsida
webmaster@info.lu.se
2001-05-31